Pengukuran/penelitian budaya organisasi dapat dilakukan bersama-sama dengan terintegrasi pada kegiatan pengukuran diri karyawan dan pimpinan. Pengukuran dapat dilakukan setiap tahun atau pada periode tertentu sesuai dengan kebutuhan lembaga yang bersangkutan. Hal ini dilakukan untuk peningkatan kualitas budaya kerja atau budaya organisasi di lingkungan perusahaan atau lembaga yang terkait. Mengukur budaya organisasi dilakukan dengan menggunakan instrumen pengukuran tertentu yang hanya dapat mengukur secara kelompok/tim dengan indikator; sangat kuat, kuat, lemah dan sangat lemah kecenderungan budaya organisasinya. (Veithzal Rivai, 2006: 473-481)

Metodologi penelitian yang digunakan untuk meneliti gejala atau peristiwa budaya organisasi adalah metodologi penelitian kualitatif dan metodologi penelitian kuantitatif. Penggunaan metodologi penelitian kuantitatif telah menjadi main stream penelitian di Indonesia.

Melalui metodologi kualitatif, peneliti mendengar narasumber (pelaku budaya) berbicara sebenarnya tentang dirinya (mereka) sendiri sesuai dengan perspektif (perspective truth) masing-masing, dan mengamati mereka berperilaku seadanya terhadap lingkungannya sesuai dengan posisi dan peran di dal;am sistem sosial masing-masing pula, kendati pun peneliti tidak mengananggapnya benar (real truth), atau sekalipun peneliti menganggapnya aneh. Not only the people interpret things differently, they focus their attention on different things.

Peneliti kualitatif adalah orang yang bersikap symbolic interactionist, yang berpendapat bahwa people are constantly in a process of interpretation and definition as they move from one situation to another, berbicara dan bertindak menurut interpretasi dan definisi itu.

Peneliti kualitatif di sisi lain berusaha mengamati bagaimana orang menggunakan abstract rules dan common sense understanding di dalam berbagai situasi sehingga perilaku mereka terlihat rutin, explicable dan unabiguous.

Dalam beberapa hal, metodologi penelitian kuantitatif adalah kebalikan metodologi kualitatif. Boleh dikatakan dalam banyak hal, metodologi penelitian kuantitatif adalah metodologi penelitian pada umumnya minus metodologi penelitian kualitatif. Salah satu perbedaan mendasar ialah, jika dalam penelitian kualitatif peneliti mengamati dan membaca apa yang keluar dari narasumber sebagaimana adanya pada suatu saat tanpa mempengaruhinya dengan cara apa pun dan tanpa menggunakan frame of reference (FOR) peneliti sendiri, dalam penelitian kuantitatif peneliti menggunakan FOR-nya, mengamati dan membaca catatan-catatan yang direkam melalui (dengan) instrumennya.

Dalam praktik, kedua macam metodologi itu bisa dikombinasikan, atau yang satu dominan terhadap yang lain. Misalnya, jika titik berat penelitian budaya organisasi diletakkan pada aspek antropologinya, metodologi kualitatif dominan; sebaliknya jika titik berat penelitian pada aspek manajemen atau organisasi. Atau dalam suatu penelitian sampai pada tahap perumusan hipotesis digunakan metodologi kualitatif untuk kemudian dilanjutkan dengan metodologi kuantitatif.

Peneliti disarankan menggunakan metodologi kualitatif jika ia hendak :

1. Understanding the meaning
2. Understand the particular context (kasus)
3. Identifying the unanticipated phenomena and influences 
4. Understand the process 
5. Developing causal explanations

Studi budaya organisasi memerlukan metodologi dasar penelitian, yaitu metodologi yang efektif untuk memahami ke-bhinneka-an, uniqueness, dan membangun apa yang oleh Max Weber disebut verstehen.

Metodologi dasar penelitian yang dipandang tepat di bidang studi budaya organisasi adalah metodologi kualitatif dalam arti, setiap penelitian pendahuluan (penjajagan, eksplorasi) guna menemukan (mengidentifikasi kualitas yang signifikan) dan merumuskan masalah penelitian dalam rangka menyusun sebuah skripsi, tesis, disertasi, atau tugas ilmiah formal lainnya, diawali dengan penelitian kualitatif sehingga penelitian menjadi spesifik, untuk kemudian dilanjutkan dengan penelitian kualitatif, penelitian kuantitatif, atau kombinasi keduanya yang dirancang secara tepat.

Disamping itu cara berpikir kualitatif juga dipandang sebagai cara berpikir yang paling cocok untuk memahami dan mengimplementasikan filsafat Bhinneka Tunggal Ika.  Cara berpikir kualitatif memberikan ruang bagi setiap lingkungan budaya untuk tetap eksis dan mempunyai ruang bagi uniquenessnya masing-masing, tanpa harus dikorbankan untuk kepentingan lingkungan budaya tertentu yang kekuatan politiknya dominan, yang dianggap mewakili seluruh nusantara indonesia berdasarkan pemikiran kuantitatif.

Bertolak dari pengalaman metodologikal yang menunjukkan bahwa kelemahan pendekatan yang satu dapat ditutupi dengan kekuatan pendekatan yang lain, maka dalam setiap kegiatan penelitian pemerintahan ke depan kedua-duanya digunakan dengan catatan, bahwa setiap peneliti memilih mana diantara keduanya yang dinyatakan dominan sementara yang lain berfungsi kontrol.

Jika pendekatan kualitatif yang digunakan, hipotesis juga berfungsi sebagai jawaban teoretik, “sementara”,  dan penuntun ke lapangan, tetapi tidak sebagi alata ukur. Hipotesis kualitatif yang disebut juga working-hypothesis atau hipotesis kerja harus rinci menjadi kategori (substansi), properties (kualitas) dan nilai (yang direkam peneliti berdasarkan FOR narasumber.